Se debe de considerar la posibilidad de una enfermedad autoinmune en el diagnóstico diferencial de cualquier enfermedad o padecimiento con manifestaciones sistémicas, incluyendo, por ejemplo, fiebre, pérdida de peso, dolores articulares, rash o alteraciones de la piel, problemas renales, sinusitis crónica o de repetición, aftas orales o genitales, eventos cardiovasculares en personas jóvenes, síndrome de ojo seco, fibrosis pulmonar, debilidad muscular, entre otros.

El tratamiento de estas enfermedades incluye medicamentos inmunosupresores de efecto sistémico y con amplios mecanismos de acción, hasta otros muy específicos que bloquean ciertas moléculas o receptores que juegan un factor muy importante en el mecanismo de la enfermedad. Se deben de considerar otros factores en la selección del tratamiento incluyendo, por ejemplo, comorbilidades, alergias, interacciones de medicamentos, preferencias del paciente, entre otros.